docs: 文档检查/check 20260419 (#296)

* docs: 修复文档巡检发现的 4 处错误

- daemon.md: 反映实际实现状态（supervisor/worker 已实现而非 stub）
- bridge-mode.md: API 操作数量从 7 修正为 9
- web-search-tool.md: 文件路径从 src/tools/ 修正为 packages/builtin-tools/src/tools/
- remote-control-self-hosting.md: 补充缺失的 RCS_WS_IDLE_TIMEOUT 和 RCS_WS_KEEPALIVE_INTERVAL 配置项

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 Safety 和 Context 文档中的代码引用和类型错误

- permission-model: 修正规则来源从"五层"到八层，优先级顺序对齐代码
- permission-model: PermissionUpdate 类型改为实际的 addRules/replaceRules 等
- permission-model: 补充 acceptEdits 和 dontAsk 两种权限模式
- permission-model: DENIAL_LIMITS 字段名对齐实际代码
- plan-mode: 工具路径从 src/tools/ 改为 packages/builtin-tools/src/tools/
- compaction: 修正 COMPACTABLE_TOOLS 和 POST_COMPACT_* 的行号
- project-memory: 修正 ENTRYPOINT_NAME 常量的行号
- system-prompt: 修正 SystemPrompt 类型定义文件路径和多个行号引用

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修复 introduction 文档中的错误路径和行号引用

- why-this-whitepaper.mdx: BashTool 路径从 src/tools/ 修正为 packages/builtin-tools/src/tools/
- what-is-claude-code.mdx: 移除不存在的 Azure provider，改为实际的 7 种 provider
- architecture-overview.mdx: State 类型行号从 204 修正为 207

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修复 conversation/features 文档中的错误

- streaming.mdx: queryStreamRaw → queryModelWithStreaming 函数名修正
- streaming.mdx: Azure 提供商不存在，替换为实际 7 个提供商
- debug-mode.mdx: --inspect-wait 描述错误，实际使用 BUN_INSPECT 环境变量
- buddy.mdx: 补充缺失的 companionReact.ts、CompanionCard.tsx、index.ts

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修复文档巡检中的源码引用错误

- feature-flags.mdx: 修正 feature() 兜底描述，实际从 bun:bundle 导入而非 cli.tsx:3 内联
- feature-flags.mdx: 修正工具 require 路径为 @claude-code-best/builtin-tools 包路径
- ant-only-world.mdx: 修正 tools.ts 中 require 路径为包路径
- ant-only-world.mdx: 修正 INTERNAL_ONLY_COMMANDS 行号 (267-295) 和数量 (24+)
- skills.mdx: 修正 COMMANDS memoize 行号 258 → 299
- mcp-protocol.mdx: 修正 fetchToolsForClient LRU 缓存上限 20 → 100
- streaming.mdx: 修正流式事件引用
- file-operations.mdx: 修正工具路径引用
- search-and-navigation.mdx: 修正搜索工具引用
- shell-execution.mdx: 修正 shell 工具引用
- buddy.mdx: 补充缺失的 frontmatter 字段
- debug-mode.mdx: 修正调试模式描述

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 tools/agent 文档中的文件路径和行号引用

- 修正 TodoWriteTool、AgentTool、ToolSearchTool 等工具路径
  src/tools/ → packages/builtin-tools/src/tools/
- 更新 Tool.ts、tools.ts、BashTool.tsx 中过时的行号引用
- 修正 WebSearchTool/WebFetchTool/EnterWorktreeTool/ExitWorktreeTool 路径
- 修正 AgentTool.tsx 中多行行号引用

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 feature 文档中的文件路径和行号引用

- ultraplan.md: 更新文件行数（525/349/127）
- fork-subagent.md: 路径迁移 src/tools/ → packages/builtin-tools/
- mcp-skills.md: 修正 getMcpSkillCommands 行号 547→604，client.ts 行号 117→129
- kairos.md: 修正 getBriefSection/getProactiveSection 行号
- proactive.md: 修正 getProactiveSection 行号 860→864

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正顶层文档中的路径迁移和行号引用

- auto-updater.md: config.ts 行号 1735→1737，标注未接入启动流程的函数
- external-dependencies.md: WebSearchTool/WebFetchTool 路径迁移到 builtin-tools 包，Vertex 行号修正
- lsp-integration.md: LSPTool 路径从 src/tools/ 迁移到 packages/builtin-tools/
- stub-recovery-design-1-4.md: 修正 Windows 绝对路径链接为标准代码引用

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 task 文档中的文件扩展名和路径引用

- task-004: AssistantSessionChooser.ts → .tsx, assistant.ts → .tsx
- task-003: cli.tsx 行号 249→272, markdownConfigLoader.ts 行号 29→35
- lan-pipes: SendMessageTool 路径迁移到 packages/builtin-tools/

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 补充 computer-use-tools-reference 缺失的 Windows 工具

添加遗漏的 open_terminal 和 activate_window 两个 Windows 专属工具，
修正工具总数 37→39，Windows 工具数 10→12。

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 audit/bash-classifier/token-budget/tree-sitter 文档

- feature-flags-audit: ScheduleCronTool 路径迁移、DAEMON 状态更新为 COMPLETE、assistant 文件标记已补全、UDS 标记已实现
- bash-classifier: BashPermissionRequest 文件路径修正、withRetry 行号移除
- token-budget: attachments.ts 行号范围修正
- tree-sitter-bash: bashPermissions.ts 路径迁移到 packages/builtin-tools

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 langfuse-monitoring AgentTool 路径迁移

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 bridgeApi 行号和 Tool.ts 行号引用

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 Safety/Extensibility 文档中的工具路径迁移和行号引用

- sandbox.mdx: shouldUseSandbox.ts 和 bashPermissions.ts 路径迁移至 packages/builtin-tools
- why-safety-matters.mdx: bashPermissions.ts 路径迁移（3 处）
- plan-mode.mdx: EnterPlanModeTool/prompt.ts 路径迁移
- auto-mode.mdx: Auto mode 指令行号 3464→3481
- hooks.mdx: AgentTool/runAgent.ts 路径迁移
- skills.mdx: SkillTool.ts 路径迁移
- custom-agents.mdx: Agent built-in 目录和 exploreAgent.ts 路径迁移

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 internals 文档引用计数和路径

- ant-only-world: USER_TYPE 引用计数 465→410+，工具路径迁移到 builtin-tools
- growthbook-ab-testing: growthbook.ts 行数 1156→1258
- hidden-features: 语音模式状态更新（audio-napi 已恢复）

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正工具文档中的行号引用

- sub-agents: AgentTool.call 入口行号 340→387
- shell-execution: ShellCommand onTimeout 行号 129→144

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 feature 文档中的状态、路径和计数

- all-features-guide: 修正 feature flag 启用范围（dev only vs dev+build）
- tier3-stubs: 大量状态修正（stub→已实现），缩减过时条目
- workflow-scripts: 路径迁移到 builtin-tools，状态更新
- web-browser-tool: 工具状态缺失→已实现，路径迁移
- context-collapse: CtxInspectTool 状态缺失→已实现
- computer-use: 行号引用更新，平台分发描述修正
- computer-use-tools-reference: 工具数 39→38
- voice-mode: voiceModeEnabled 行数 55→54

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 更新 the-loop 查询循环行号引用

query.ts 代码变更后终止原因行号整体偏移约 40 行

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 补充 feature-flags-audit 完整 build 默认 feature 列表

添加 ULTRATHINK/LODESTONE/ACP/DAEMON 等 19 个缺失的 build 默认 feature，
修正 dev-only 特征标注（UDS_INBOX/LAN_PIPES/BG_SESSIONS/TEMPLATES）

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 feature-flags-audit ConfigTool 路径迁移

ConfigTool 路径从 src/tools/ 迁移到 packages/builtin-tools/src/tools/

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 feature-flags-audit BashTool 路径迁移

BashTool 路径从 src/tools/ 迁移到 packages/builtin-tools/src/tools/

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 修正 feature-flags-audit SkillTool 路径迁移

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

* docs: 更新 feature-flags-audit WorkflowTool 状态为已实现

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

---------

Co-authored-by: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

docs/safety/auto-mode.mdx

@@ -137,7 +137,7 @@ Auto mode 可通过以下方式激活：
 
 ### 进入时（Full Instructions）
 
-注入到对话中的指令（`messages.ts:3464`）：
+注入到对话中的指令（`messages.ts:3481`）：
 
 > Auto mode is active. The user chose continuous, autonomous execution. You should:
 >

docs/safety/permission-model.mdx

@@ -18,17 +18,19 @@ keywords: ["权限模型", "Allow Ask Deny", "PermissionRule", "checkPermissions
 
 这些行为由 `PermissionResult` 类型定义（`src/utils/permissions/PermissionResult.ts`）。
 
-## 权限规则的五层来源
+## 权限规则的来源
 
-规则从 5 个来源汇聚（`PERMISSION_RULE_SOURCES`，`permissions.ts:109`），优先级从高到低：
+规则从 8 个来源汇聚（`PERMISSION_RULE_SOURCES`，`permissions.ts:109`），优先级从低到高（后者覆盖前者）：
 
 ```
-1. session        — 用户在当前对话中手动授权（"Always allow"）
-2. cliArg         — 命令行 --allow/--deny 参数
-3. command        — Skill 工具的 allowedTools 白名单
-4. projectSettings — .claude/settings.json（团队共享）
-5. userSettings   — ~/.claude/settings.json（跨项目）
-6. policySettings — 企业管理员下发的策略（用户不可覆盖）
+1. userSettings   — ~/.claude/settings.json（跨项目）
+2. projectSettings — .claude/settings.json（团队共享）
+3. localSettings  — .claude/settings.local.json（gitignored，个人覆盖）
+4. flagSettings   — --settings 命令行参数
+5. policySettings — 企业管理员下发的策略（用户不可覆盖）
+6. cliArg         — 命令行 --allow/--deny 参数
+7. command        — Skill 工具的 allowedTools 白名单
+8. session        — 用户在当前对话中手动授权（"Always allow"）
 ```
 
 每个来源维护三个数组：`alwaysAllowRules[source]`、`alwaysAskRules[source]`、`alwaysDenyRules[source]`。
@@ -65,7 +67,7 @@ MCP 工具使用 `getToolNameForPermissionCheck()` 获取匹配名称，支持
 
 **2. 命令模式匹配**（BashTool 的 `checkPermissions()`）
 
-BashTool 通过 `preparePermissionMatcher()`（`Tool.ts:514`）解析命令模式：
+BashTool 通过 `preparePermissionMatcher()`（`Tool.ts:520`）解析命令模式：
 ```json
 {"tool": "Bash", "ruleContent": "git *"}  → 匹配 "git commit -m 'fix'"
 ```
@@ -120,7 +122,9 @@ Read/Edit/Write 工具通过 `getPath()` 提取文件路径，与 `ruleContent`
 |------|---------------------|---------|------|
 | **Default** | `'default'` | 日常使用 | 敏感操作逐一确认 |
 | **Plan Mode** | `'plan'` | 探索阶段 | 只能读不能写（`isReadOnly()` 检查） |
-| **Auto** | `'auto'` | 信任 AI | 通过 transcript classifier 自动决策 |
+| **Accept Edits** | `'acceptEdits'` | 快速迭代 | 工作区内文件编辑自动放行，其他操作仍需确认 |
+| **Don't Ask** | `'dontAsk'` | 减少打断 | 尽量自动决策，减少确认弹窗 |
+| **Auto** | `'auto'` | 信任 AI | 通过 transcript classifier 自动决策（需 `TRANSCRIPT_CLASSIFIER` feature flag） |
 | **Bypass** | `'bypassPermissions'` | 完全信任 | 所有操作自动放行（需显式 `--dangerously-skip-permissions`） |
 
 Plan Mode 切换由 `EnterPlanModeTool.call()` 触发：
@@ -143,8 +147,8 @@ context.setAppState(prev => ({
 
 ```typescript
 const DENIAL_LIMITS = {
-  maxDenialsPerTool: 3,        // 同一工具连续拒绝上限
-  cooldownPeriodMs: 30_000,    // 冷却期 30 秒
+  maxConsecutive: 3,        // 同一工具连续拒绝上限
+  maxTotal: 20,             // 总拒绝上限
 }
 ```
 
@@ -162,9 +166,12 @@ const DENIAL_LIMITS = {
 
 ```typescript
 type PermissionUpdate =
-  | { type: 'addRule', behavior, rule, destination }
-  | { type: 'removeRule', behavior, rule, destination }
-  | { type: 'setMode', mode, destination }
+  | { type: 'addRules', destination, rules, behavior }
+  | { type: 'replaceRules', destination, rules, behavior }
+  | { type: 'removeRules', destination, rules, behavior }
+  | { type: 'setMode', destination, mode }
+  | { type: 'addDirectories', destination, directories }
+  | { type: 'removeDirectories', destination, directories }
 ```
 
 当用户在 Ask 对话框中选择 "Always allow"，系统调用 `persistPermissionUpdates()` 将规则写入对应层级的 settings 文件（project/user/managed），同时更新内存中的 `toolPermissionContext`。

docs/safety/plan-mode.mdx

@@ -16,13 +16,13 @@ keywords: ["Plan Mode", "计划模式", "EnterPlanMode", "ExitPlanMode", "prepar
 
 <Steps>
   <Step title="EnterPlanMode — 进入计划模式">
-    AI 自主判断（或用户触发）任务需要规划，调用 `EnterPlanModeTool`（`src/tools/EnterPlanModeTool/EnterPlanModeTool.ts:36`）。该工具需要**用户审批**（`checkPermissions` 返回 `ask`）。
+    AI 自主判断（或用户触发）任务需要规划，调用 `EnterPlanModeTool`（`packages/builtin-tools/src/tools/EnterPlanModeTool/EnterPlanModeTool.ts:36`）。该工具需要**用户审批**（`checkPermissions` 返回 `ask`）。
   </Step>
   <Step title="探索阶段 — 只读工具集">
     权限模式切换为 `'plan'`，AI 只能使用 `isReadOnly()` 为 true 的工具（Read、Grep、Glob、Agent 等）。写操作被自动拒绝。
   </Step>
   <Step title="ExitPlanMode — 提交方案审批">
-    AI 完成探索后，调用 `ExitPlanModeV2Tool`（`src/tools/ExitPlanModeTool/ExitPlanModeV2Tool.ts:147`），将计划文件提交给用户审阅。这是第二个**需要用户审批**的节点。
+    AI 完成探索后，调用 `ExitPlanModeV2Tool`（`packages/builtin-tools/src/tools/ExitPlanModeTool/ExitPlanModeV2Tool.ts:147`），将计划文件提交给用户审阅。这是第二个**需要用户审批**的节点。
   </Step>
   <Step title="恢复执行 — 全部工具权限">
     用户批准后，权限模式恢复为进入前的状态，AI 按计划执行。
@@ -107,7 +107,7 @@ if (isTeammate()) {
 
 ## 什么时候该用计划模式
 
-`EnterPlanModeTool` 的 Prompt（`src/tools/EnterPlanModeTool/prompt.ts`）定义了两套触发标准——外部版本更积极（鼓励规划），内部版本更克制（仅在真正模糊时使用）：
+`EnterPlanModeTool` 的 Prompt（`packages/builtin-tools/src/tools/EnterPlanModeTool/prompt.ts`）定义了两套触发标准——外部版本更积极（鼓励规划），内部版本更克制（仅在真正模糊时使用）：
 
 | 场景 | 外部版本 | 内部版本 |
 |------|---------|---------|

docs/safety/sandbox.mdx

@@ -166,7 +166,7 @@ keywords: ["沙箱", "sandbox", "权限", "Bash", "PowerShell", "bubblewrap", "s
 5. 这条命令没有被显式排除
 6. 这次调用没有被允许以 `dangerouslyDisableSandbox` 绕过
 
-对应入口在 `src/tools/BashTool/shouldUseSandbox.ts` 和 `src/utils/sandbox/sandbox-adapter.ts`。
+对应入口在 `packages/builtin-tools/src/tools/BashTool/shouldUseSandbox.ts` 和 `src/utils/sandbox/sandbox-adapter.ts`。
 
 ### 3. PowerShell 只在支持平台上走
 
@@ -518,11 +518,11 @@ REPL / CLI 启动
 
 如果你想继续顺着源码深入，推荐按下面顺序看：
 
-1. `src/tools/BashTool/shouldUseSandbox.ts`
+1. `packages/builtin-tools/src/tools/BashTool/shouldUseSandbox.ts`
 2. `src/utils/Shell.ts`
 3. `src/utils/sandbox/sandbox-adapter.ts`
 4. `src/utils/permissions/permissions.ts`
-5. `src/tools/BashTool/bashPermissions.ts`
+5. `packages/builtin-tools/src/tools/BashTool/bashPermissions.ts`
 6. `src/utils/permissions/pathValidation.ts`
 7. `src/utils/permissions/filesystem.ts`
 

docs/safety/why-safety-matters.mdx

@@ -61,7 +61,7 @@ Claude 的 System Prompt 中包含安全指令——这是"软性"约束，依
 | `deny` | 直接拒绝 | 匹配 deny 规则 |
 | `ask` | 弹窗确认 | 未匹配任何规则 或 匹配 ask 规则 |
 
-以 BashTool 为例（`src/tools/BashTool/bashPermissions.ts`），`bashToolHasPermission()` 执行了极其细致的检查链：
+以 BashTool 为例（`packages/builtin-tools/src/tools/BashTool/bashPermissions.ts`），`bashToolHasPermission()` 执行了极其细致的检查链：
 
 1. **AST 安全解析**：用 tree-sitter 解析 bash AST，检测命令注入（`$()`、反引号等）
 2. **语义检查**：识别危险命令（`eval`、`exec`、`source` 等）
@@ -169,7 +169,7 @@ Bash("rm -rf node_modules")  → ⚠️ 需确认（不可逆）
 攻击：cd /malicious/dir && git status
       /malicious/dir 包含 bare repo + 恶意钩子
 防御：bashToolHasPermission() 检测 cd + git 组合
-      强制 require approval（src/tools/BashTool/bashPermissions.ts:2209）
+      强制 require approval（packages/builtin-tools/src/tools/BashTool/bashPermissions.ts:2209）
 ```
 
 ### 场景3：管道注入
@@ -178,5 +178,5 @@ Bash("rm -rf node_modules")  → ⚠️ 需确认（不可逆）
 攻击：echo 'x' | xargs printf '%s' >> /etc/passwd
       splitCommand 会剥离重定向，导致路径检查遗漏
 防御：即使管道段独立检查通过，仍对原始命令重新验证路径约束
-      检查重定向目标中的危险模式（反引号、$()）（bashPermissions.ts:1992-2056）
+      检查重定向目标中的危险模式（反引号、$()）（packages/builtin-tools/src/tools/BashTool/bashPermissions.ts:1992-2056）
 ```