docs: fix documentation deviations from source code (#220)

* docs: 修正 docs/conversation 文档与源码的偏差(multi-turn/streaming/the-loop)

- multi-turn: TranscriptWriter→Project 私有类, 会话路径改用 sanitized-cwd,
  补充 StoredCostState.lastDuration 字段, 模型切换改为 setModel(),
  QueryEngine 状态补全 loadedNestedMemoryPaths/hasHandledOrphanedPermission,
  行号改为符号引用
- streaming: STALL_THRESHOLD_MS 10s→30s, 新增 90s 主动空闲看门狗描述,
  非流式降级补充 didFallBackToNonStreaming/executeNonStreamingRequest,
  行号改为符号引用
- the-loop: 终止条件 7→11, 继续条件重整为 5 组层级结构,
  max_output_tokens 拆分 escalate/recovery 子阶段,
  prompt-too-long 拆分 collapse_drain/reactive_compact 子策略,
  State 类型修正 autoCompactTracking 为可选, 行号改为符号引用
- 全部: 添加 sourceRef 版本锚定(3ec5675)

* docs: 修正 docs/extensibility 文档与源码的偏差(custom-agents/hooks/skills)

- custom-agents: Verification 模型修正为 inherit, 补充 Plugin Agent 字段限制
  (permissionMode/hooks/mcpServers 被安全忽略, isolation 仅 worktree),
  加载流程修正为 6 层优先级, 补充 memory snapshot 门控条件
- hooks: 事件数 22→27(补充 Notification), Hook 类型定义位置修正为 3 个文件,
  行号改为符号引用, Zod schema 范围修正, 去重键修正为四部分复合键,
  registerFrontmatterHooks/clearSessionHooks 区分定义位置和调用位置
- skills: 字段数 17→16, 权限层级 4→5(补充 remote canonical auto-allow),
  SAFE_SKILL_PROPERTIES 28→30, skillUsageTracking 路径修正,
  行号改为符号引用
- mcp-protocol: 全部验证通过, 无需修改
- 全部: 添加 sourceRef 版本锚定(3ec5675)

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* docs: 修正 docs/extensibility 文档与源码的偏差(hooks/skills/mcp-protocol)

hooks:
- 事件数 22→27(补充 Notification 事件)
- Hook 类型定义位置修正为 3 个文件分布
  (schemas/hooks.ts / types/hooks.ts / utils/hooks/sessionHooks.ts)
- Zod schema 引用从硬编码行号改为符号引用
- hookSpecificOutput 表从 6 扩展至 15 个事件
  (补全 permissionDecisionReason / PostToolUseFailure / SubagentStart 等)
- 去重键从 pluginRoot\0command 修正为四部分复合键
  (pluginRoot\0shell\0command\0ifCondition)
- 全部硬编码行号改为符号引用以避免版本漂移

skills:
- parseSkillFrontmatterFields 字段数 17→16
- SAFE_SKILL_PROPERTIES 属性数 28→30
- checkPermissions 层级 4→5
- 第 2 层描述从"官方市场"修正为"远程 canonical"

mcp-protocol:
- 配置层级从"三级"修正为
  "enterprise 独占或合并 user/project/local + plugin + claude.ai"

* docs: 修正 system-prompt.mdx 中 Boundary 章节的层级与可读性

- Boundary 插入条件从 ### 降为 blockquote，不再打断三种分块模式的并列结构
- 表格中 Boundary 缓存策略列补充说明其分割作用
- 新增 Boundary 概念释义（blockquote），解释其分割静态区/动态区以实现全局缓存的设计意图

docs/extensibility/skills.mdx

@@ -48,7 +48,7 @@ Skill 的核心洞见：**复杂任务的关键不在代码逻辑，而在 Promp
 1. `readdir` 扫描目录 → 仅保留 `isDirectory()` 或 `isSymbolicLink()` 的条目
 2. 在每个子目录中查找 `SKILL.md`，未找到则跳过
 3. `parseFrontmatter()` 解析 YAML 头部，提取 `whenToUse`、`allowedTools`、`context` 等字段
-4. `parseSkillFrontmatterFields()`（第 185 行）统一解析 17 个 frontmatter 字段
+4. `parseSkillFrontmatterFields()`（第 185 行）统一解析 16 个 frontmatter 字段
 5. `createSkillCommand()`（第 270 行）构造 `Command` 对象
 
 **去重机制**：使用 `realpath()` 解析符号链接获得规范路径（`getFileIdentity`，第 118 行），避免通过符号链接或重叠父目录导致的重复加载。
@@ -94,7 +94,7 @@ shell: ["bash"]                      # Shell 执行环境
 ---
 ```
 
-解析后有 17 个字段被提取，其中 `allowedTools`、`model`、`effort` 在执行时动态修改 `toolPermissionContext`。
+解析后有 16 个字段被提取，其中 `allowedTools`、`model`、`effort` 在执行时动态修改 `toolPermissionContext`。
 
 ## 两条执行路径：Inline vs Fork
 
@@ -128,12 +128,12 @@ Fork 模式适用于需要强隔离的场景（如长时间运行的审查任务
 
 ## 权限模型：Safe Properties 白名单
 
-`checkPermissions()`（第 433 行）实现了一个四层权限检查：
+`checkPermissions()`（第 433 行）实现了一个五层权限检查：
 
 ```
 1. Deny 规则匹配（支持精确匹配和 prefix:* 通配符）
    ↓ 未命中
-2. 官方市场 Skill 自动放行（plugin + isOfficialMarketplaceName）
+2. 远程 canonical Skill 自动放行（EXPERIMENTAL_SKILL_SEARCH + USER_TYPE === 'ant'）
    ↓ 未命中
 3. Allow 规则匹配
    ↓ 未命中
@@ -142,7 +142,7 @@ Fork 模式适用于需要强隔离的场景（如长时间运行的审查任务
 5. Ask 用户确认（附带精确匹配和前缀匹配两条建议规则）
 ```
 
-**Safe Properties**（`SAFE_SKILL_PROPERTIES`，第 876 行）是一个包含 28 个属性名的白名单。任何不在白名单中的**有意义的属性值**（排除 `undefined`、`null`、空数组、空对象）都会触发权限请求。这是**正向安全**设计——未来新增的属性默认需要权限。
+**Safe Properties**（`SAFE_SKILL_PROPERTIES`，第 876 行）是一个包含 30 个属性名的白名单（覆盖 `PromptCommand` 和 `CommandBase` 两个类型的所有安全属性）。任何不在白名单中的**有意义的属性值**（排除 `undefined`、`null`、空数组、空对象）都会触发权限请求。这是**正向安全**设计——未来新增的属性默认需要权限。
 
 ## Prompt 预算：1% 上下文窗口的截断策略
 
@@ -205,7 +205,7 @@ score = usageCount × max(0.5^(daysSinceUse / 7), 0.1)
 ```
 磁盘 SKILL.md
   ↓ parseFrontmatter()
-  ↓ parseSkillFrontmatterFields() → 17 个字段
+  ↓ parseSkillFrontmatterFields() → 16 个字段
   ↓ createSkillCommand() → Command 对象
   ↓ 去重（realpath + seenFileIds）
   ↓ 条件 Skill → conditionalSkills Map（等待路径匹配激活）
@@ -214,7 +214,7 @@ score = usageCount × max(0.5^(daysSinceUse / 7), 0.1)
   ↓ formatCommandsWithinBudget() → 截断后的 Skill 列表注入 System Prompt
   ↓ AI 选择匹配的 Skill
   ↓ SkillTool.validateInput() → 名称校验 + 存在性检查
-  ↓ SkillTool.checkPermissions() → 四层权限检查
+  ↓ SkillTool.checkPermissions() → 五层权限检查
   ↓ SkillTool.call() → inline 或 fork 执行
   ↓ contextModifier() → 注入 allowedTools + model + effort
   ↓ recordSkillUsage() → 更新使用频率排名