docs: fix documentation deviations from source code (#220)

* docs: 修正 docs/conversation 文档与源码的偏差(multi-turn/streaming/the-loop)

- multi-turn: TranscriptWriter→Project 私有类, 会话路径改用 sanitized-cwd,
  补充 StoredCostState.lastDuration 字段, 模型切换改为 setModel(),
  QueryEngine 状态补全 loadedNestedMemoryPaths/hasHandledOrphanedPermission,
  行号改为符号引用
- streaming: STALL_THRESHOLD_MS 10s→30s, 新增 90s 主动空闲看门狗描述,
  非流式降级补充 didFallBackToNonStreaming/executeNonStreamingRequest,
  行号改为符号引用
- the-loop: 终止条件 7→11, 继续条件重整为 5 组层级结构,
  max_output_tokens 拆分 escalate/recovery 子阶段,
  prompt-too-long 拆分 collapse_drain/reactive_compact 子策略,
  State 类型修正 autoCompactTracking 为可选, 行号改为符号引用
- 全部: 添加 sourceRef 版本锚定(3ec5675)

* docs: 修正 docs/extensibility 文档与源码的偏差(custom-agents/hooks/skills)

- custom-agents: Verification 模型修正为 inherit, 补充 Plugin Agent 字段限制
  (permissionMode/hooks/mcpServers 被安全忽略, isolation 仅 worktree),
  加载流程修正为 6 层优先级, 补充 memory snapshot 门控条件
- hooks: 事件数 22→27(补充 Notification), Hook 类型定义位置修正为 3 个文件,
  行号改为符号引用, Zod schema 范围修正, 去重键修正为四部分复合键,
  registerFrontmatterHooks/clearSessionHooks 区分定义位置和调用位置
- skills: 字段数 17→16, 权限层级 4→5(补充 remote canonical auto-allow),
  SAFE_SKILL_PROPERTIES 28→30, skillUsageTracking 路径修正,
  行号改为符号引用
- mcp-protocol: 全部验证通过, 无需修改
- 全部: 添加 sourceRef 版本锚定(3ec5675)

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* docs: 修正 docs/extensibility 文档与源码的偏差(hooks/skills/mcp-protocol)

hooks:
- 事件数 22→27(补充 Notification 事件)
- Hook 类型定义位置修正为 3 个文件分布
  (schemas/hooks.ts / types/hooks.ts / utils/hooks/sessionHooks.ts)
- Zod schema 引用从硬编码行号改为符号引用
- hookSpecificOutput 表从 6 扩展至 15 个事件
  (补全 permissionDecisionReason / PostToolUseFailure / SubagentStart 等)
- 去重键从 pluginRoot\0command 修正为四部分复合键
  (pluginRoot\0shell\0command\0ifCondition)
- 全部硬编码行号改为符号引用以避免版本漂移

skills:
- parseSkillFrontmatterFields 字段数 17→16
- SAFE_SKILL_PROPERTIES 属性数 28→30
- checkPermissions 层级 4→5
- 第 2 层描述从"官方市场"修正为"远程 canonical"

mcp-protocol:
- 配置层级从"三级"修正为
  "enterprise 独占或合并 user/project/local + plugin + claude.ai"

* docs: 修正 system-prompt.mdx 中 Boundary 章节的层级与可读性

- Boundary 插入条件从 ### 降为 blockquote，不再打断三种分块模式的并列结构
- 表格中 Boundary 缓存策略列补充说明其分割作用
- 新增 Boundary 概念释义（blockquote），解释其分割静态区/动态区以实现全局缓存的设计意图

docs/context/system-prompt.mdx

@@ -43,9 +43,11 @@ export function asSystemPrompt(value: readonly string[]): SystemPrompt {
 | 阶段 | 内容 | 缓存策略 |
 |------|------|----------|
 | **静态区** | Intro Section、System Rules、Doing Tasks、Actions、Using Tools、Tone & Style、Output Efficiency | 可跨组织缓存（`scope: 'global'`） |
-| **BOUNDARY** | `SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY = '__SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY__'` | 分界标记（不发送给 API） |
+| **BOUNDARY** | `SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY = '__SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY__'` | 分界标记（不发送给 API，仅用于分割静态区与动态区以实现全局缓存） |
 | **动态区** | Session Guidance、Memory、Model Override、Env Info、Language、Output Style、MCP Instructions、Scratchpad、FRC、Summarize Tool Results、Token Budget、Brief | 每次会话不同（`scope: 'org'` 或无缓存） |
 
+> **Boundary 是什么**：它把 System Prompt 分成"不变的静态区"和"因用户/会话而异的动态区"。静态区对所有用户相同，可获得 `scope: 'global'` 跨组织缓存；动态区每次不同，只能 `scope: 'org'` 或不缓存。它本身是一个特殊字符串，在发送给 API 前被移除，AI 永远看不到。
+
 ### 动态区的 Section 注册表
 
 动态区通过 `systemPromptSection()` / `DANGEROUS_uncachedSystemPromptSection()` 注册，这两个工厂函数定义于 `src/constants/systemPromptSections.ts`：
@@ -151,9 +153,7 @@ MCP 工具列表在会话中可能变化（连接/断开），破坏了跨组织
 
 这是缓存效率最高的模式。`SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY` 之前的静态内容（Intro、Rules、Tone & Style 等）对所有用户相同，可跨组织缓存。
 
-### Boundary 插入条件
-
-`SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY` 标记**仅在特定条件**下插入：
+> **Boundary 插入条件**：`SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY` 标记**仅在特定条件**下插入：
 
 ```typescript
 // src/utils/betas.ts:226-229