feat: 注册所有新命令到命令系统和工具注册表

- commands.ts: 注册所有新命令（memory-stores、vault、schedule 等），
  移除 require() 动态加载，统一为 ESM import
- tools.ts: 注册 LocalMemoryRecallTool、VaultHttpFetchTool
- 补充命令测试（bridge-kick、commit、commit-push-pr、init-verifiers）
- 补充工具测试（AgentTool、RemoteTrigger、SkillTool、WebFetch、WebSearch）
- 集成测试：autonomy-lifecycle-user-flow 更新
- 探测脚本和功能文档

Co-Authored-By: glm-5-turbo <zai-org@claude-code-best.win>

scripts/defines.ts

@@ -93,4 +93,6 @@ export const DEFAULT_BUILD_FEATURES = [
   // 'TEAMMEM',                  // 已禁用：依赖 COORDINATOR_MODE，邮箱文件无限增长
   // SSH Remote
   'SSH_REMOTE', // SSH 远程连接，本地 REPL + 远端工具执行
+  // Autofix PR
+  'AUTOFIX_PR', // /autofix-pr 命令（fork 引入；docs/jira/AUTOFIX-PR-001.md 承诺默认开启）
 ] as const